El núcleo original de este santuario fue la casa del Imam Al-Hadi (la paz sea con él). Tras su destierro a Samarra por orden del califa abasí Al-Mutawakkil, el Imam adquirió aquella vivienda para residir en ella junto con su noble familia. Después de su martirio a manos de los abasíes, esa misma casa se convirtió en su lugar de sepultura y, posteriormente, también en el del Imam Hasan Al-Askari (la paz sea con él). Durante varios años, la casa fue un lugar de peregrinación secreto para los chiíes. Más tarde, en el año 333 de la Hégira (944 d.C.), Nasir al-Dawla Al-Hamdani construyó una cúpula sobre las tumbas de los dos imames. Posteriormente, los dailamíes colocaron un valioso cofre sobre las sepulturas sagradas y llevaron a cabo una excelente reconstrucción de la cúpula y el santuario de Samarra.
Pero, ¿desde cuándo este luminoso santuario comenzó a asemejarse al Sagrado Santuario del Príncipe de los Creyentes (la paz sea con él)?
Mir Abdolatif Jan Shushtari, escritor de viajes de la época kayar, escribe en su obra Tohfat al-‘Alam: «Ahmad Jan Jui, quien era uno de los gobernadores de Azerbaiyán y uno de los hombres virtuosos de su tiempo, envió a Mirza Mohammad Rafi, hijo de Mostofi al-Mamalek, quien figuraba entre los eruditos y las personalidades más destacadas de aquella región, con una considerable suma de dinero a Samarra (antiguamente conocida como Surra Man Ra’a) para reconstruir aquel noble mausoleo y el sótano donde tuvo lugar la Gran Ocultación, siguiendo el modelo del Santuario de Nayaf Al-Ashraf. Lo acompañaban obreros y arquitectos expertos procedentes de Irán; tras obtener el permiso del pachá, gobernador otomano de la región, comenzaron las obras».
En ese mismo período, y conforme al testamento de Amir Kabir, se llevó a cabo una restauración integral financiada con sus bienes, que incluyó el dorado de la cúpula, la reparación del patio y del pórtico, así como la renovación de sus azulejos. El santuario que los wahabíes destruyeron en Muharram del año 1427 de la Hégira (2006 d.C.) fue precisamente este.
Hoy, aunque la reconstrucción de este Sagrado Santuario continúa en marcha, el clamor de la injusticia sufrida por el Príncipe de los Creyentes y sus descendientes infalibles (la paz sea con ellos) resuena con más fuerza que nunca entre quienes tienen oídos para escuchar.